Kotiautomaatiojärjestelmien hallintaan liittyy monenlaisia tarpeita ja erilaisia ratkaisuja. Omakotitalon kodinohjausjärjestelmän hallinta voi olla keskitetty yhteen hallintalaitteeseen ja taloyhtiössä voi olla yksi isompi hallintalaite ja sen lisäksi jokaisessa taloudessa oma pienempi ja ominaisuuksiltaan suppeampi laite. Kiinteistöissä sijaitsevien hallintalaitteiden lisäksi kodinohjausjärjestelmien hallinta saattaa olla toteutettu www-pohjaisena käyttöliittymänä tai GSM:llä ohjattavana järjestelmänä. Monissa toteutetuissa ratkaisuissa näitä kaikkia ohjausvaihtoehtoja on käytetty rinnakkain täydentämään toisiaan.
Itsenäisellä hallintalaitteen käyttö kodinohjausjärjestelmässä ei vaadi käyttäjältä järjestelmään suoranaisesti kuulumattomia laitteita kuten PC:tä tai matkapuhelinta. Toisaalta pienet hallintalaitteet ja pienet näytöt rajoittavat järjestelmän käytettävissä olevia ominaisuuksia. Järjestelmä ei pysty suppean käyttöliittymän välityksellä tarjoamaan käyttäjälle laajoja havainnollisia raportteja ja myös järjestelmän muunnettavuus käyttäjän näkökulmasta on rajoitettu.
Matkapuhelimella ohjattavassa järjestelmän hallinta tapahtuu GSM-ohjausyksikön kautta. Tämä menetelmä mahdollistaa järjestelmän käyttämisen ja valvomisen muuallakin, kuin itse kiinteistössä. Tämä tuo käyttäjälle näistä vaihtoehdoista eniten vapautta, mutta rajoittaa eniten mahdollisuuksia. GSM-pohjaisessa ohjausjärjestelmässä hallintalaite on periaatteessa aina käyttäjän mukana, joten järjestelmä mahdollistaa järjestelmän nopean raportoinnin suoraan ja reaaliaikaisesti käyttäjälle. Reaaliaikaisuus ja riippumattomuus käyttäjän sijainnista mahdollistaa käyttäjän nopean reagoinnin mahdollisiin äkillisiin muutoksiin. Järjestelmä kykenee ilmoittamaan käyttäjälle normaalitilan häiriintyessä. Näin käyttäjä saa heti tiedon murtovarkauden, tulipalon tai vesivahingon sattuessa. Samalla järjestelmä voi hälyttää esimerkiksi aluehälytyskeskukseen tai vartiointi liikkeeseen.
WAP-pohjaiset toteutukset eivät ainakaan vielä poikkea SMS-pohjaisista toteutuksista merkittävästi.
Kodinohjausjärjestelmien ohjaus on mahdollista toteuttaa käyttäen ohjelmistoa, jota käyttäjä voi käyttää omalla PC:llä. Tämän tyyppisessä ratkaisussa käyttäjällä on ehkä eniten mahdollisuuksia. Omalla PC:llä oleva hallintaohjelmisto pystyy tarjoamaan käyttäjälle laajoja raportteja ja graafeja järjestelmän tilasta. Lisäksi PC:ssä toimiva hallintaohjelmisto on usein käyttäjän kannalta havainnollisempi kuin esimerkiksi järjestelmän oman hallintalaitteen käyttöliittymä varsinkin, jos käyttäjä on jo tottunut käyttämään PC:tä.
Internetin yli toimiva kodinohjausjärjestelmä mahdollistaa järjestelmän käytön ja valvonnan sijainnista riippumatta. Järjestelmää voi käyttää miltä tahansa internetiin liitetyltä tietokoneelta, jossa on käytössä selain. Ohjausjärjestelmät näkyvät käyttäjille käytännössä www-sivuina. Internetin kautta tapahtuvassa ohjauksessa saavutetaan samoja etuja, kuin GSM-pohjaisessa hallinnassa etäkäytön kannalta ja PC:llä hallittavan järjestelmän etuja havainnollisten raporttien ja helpon käyttöliittymän muodossa. Lisäksi käyttäjä pystyy reaaliaikaisesti seuraamaan muutoksia kiinteistössä, esimerkiksi saunan lämpötilan muuttumista. Tämä järjestelmän hallinta tekniikka vaatii taloon jatkuvasti käytössä olevan internetyhteyden (kuten ADSL tai LAN).
Yllä on esitelty kodinohjausjärjestelmien ohjaus ja käyttöliittymä vaihtoehtoja. Jokaisella eri vaihtoehdolla on oman etunsa ja haittansa, eikä mikään niistä ole absoluuttisesti paras tai sopiva kaikkiin käytännön toteutuksiin. Paras käytettävyys ja käytännöllisyys saavutetaan integroimalla eri hallintajärjestelmiä. SMS-pohjaisella järjestelmällä voisi hoitaa lyhyitä ja yksinkertaisia ohjauskäskyjä ja lähettää käyttäjälle lyhyitä raportteja. Järjestelmän tarkempi seuranta voisi tapahtua PC:n ohjelmalla tai www-sivujen kautta. Järjestelmän oma hallintalaite sopii koteihin, jossa ei muuten tarvita PC:tä, mutta joiden kotiautomaatiojärjestelmän hallintaan ei matkapuhelin riitä.